В итоговой редакции, принятой парламентом во втором чтении, церкви, приходу, объединению приходов и монастырю запрещается быть связанным с духовным центром, руководящим органом, главой религиозного объединения или духовным руководителем, которые представляют угрозу для безопасности, конституционного или общественного строя Эстонии. Запрещаются как юридические связи на основании устава или иного документа, на основании которого осуществляется деятельность церкви или монастыря, так и хозяйственные связи с подобными лицами.

В законе также уточняется понятие угрозы эстонскому государству. Согласно новой формулировке, такая угроза возникает, если речь идет о разжигании, поддержке или финансировании деятельности, направленной против независимости или территориальной целостности Эстонии, либо на насильственную смену конституционного строя в Эстонии, а также о поддержке военной агрессии или призыву к войне, террористическим преступлениям или иному противоправному применению вооруженных сил или насилия.

Рийгикогу принял поправки в Закон о церквях и приходах 9 апреля. В числе прочего новая редакция закона была призвана пресечь возможности использования действующих в Эстонии религиозных организаций в целях разжигания вражды или насилия. Принятый закон должен был создать правовые основания для прекращения в Эстонии деятельности Эстонской православной христианской церкви (бывшей Эстонской православной церкви Московского патриархата), если она не разорвет канонические связи с Московским патриархатом.

Президент не провозгласил закон 24 апреля, посчитав, что создаваемое им ограничение свободы вероисповедания и свободы объединений не является пропорциональным. Он посчитал необходимым вновь рассмотреть закон в Рийгикогу и привести его в соответствие с Конституцией.

Теперь для принятия закона он должен пройти третье чтение Рийгикогу и быть провозглашенным президентом.